Le Haut-commissariat au Plan travaille de façon étroite avec le CESE (Conseil économique social et environnemental), France Stratégie et certains acteurs publics comme le SGPE (Secrétariat général à la planification écologique) et le SGPI (Secrétariat général pour l'investissement).

Plus largement, le Plan a noué des relations privilégiées avec l'Académie des Sciences, l'Académie des sciences et des technologies, France Universités, l'INRIA, le CNAM, le CEVIPOF, le Lab de BPI France, le Club Déméter, le think tank Matières Grises et Futuribles.